Sono da poco passate le 8 di mattina del 20 maggio 1999, un uomo percorre a piedi via Salaria nel centro di Roma. E’ il consulente del ministero del lavoro Massimo D’Antona che si sta recando al suo ufficio. Ma quella mattina è diversa dal solito, nel tragitto il professore viene bloccato dal commando di brigatisti formato da Mario Galesi e Nadia Desdemona Lioce che sono già dalle 5:30 nascosti all'interno del furgone parcheggiato al lato della strada. Scaricano i 9 colpi del caricatore sul corpo del povero professore che muore poco dopo al Policlinico Umberto I. Poche ore dopo l'agguato, in un documento di 14 pagine stampate fronte retro, con tanto di stella a cinque punte e firmato Nuove Brigate Rosse, arriva la rivendicazione.

Dopo 11 anni l’Italia fa nuovamente i conti con una sigla che ha segnato gli anni più bui della storia repubblicana. Ma l’omicidio D’Antona non sarebbe stato l’ultimo, perché il 19 marzo del 2002 alle 20.15 il giuslavorista e consulente del Ministero del lavoro e della previdenza sociale Marco Biagi viene assassinato a Bologna, freddato da alcuni colpi di pistola davanti alla sua abitazione, mentre rincasava sulla sua bici provenendo dalla stazione ferroviaria.

La risposta della Cgil e degli altri sindacati è ferma, come fu durante gli anni di piombo. Il sindacato di corso d’Italia considera i due giuslavoristi uomini del dialogo. In entrambi i casi, ma in particolar modo per Marco Biagi, la CGIL esprime forte preoccupazione per le falle nei sistemi di sicurezza, puntando il dito contro lo Stato per la revoca della scorta al professore avvenuta mesi prima dell'agguato.

La storia delle Nuove brigate rosse, però, ancora non era finita. Il 2 marzo 2003, nei pressi di Castiglion Fiorentino, in una sparatoria avvenuta sul treno interregionale Roma-Firenze, durante un normale controllo degli agenti sul convoglio, i brigatisti Mario Galesi e Nadia Desdemona Lioce, che viaggiano sotto falso nome e temono di essere scoperti, tirano fuori le pistole e iniziano a fare fuoco uccidendo il sovrintendente della PolFer Emanuele Petri. Gli altri due agenti presenti sul posto rispondono al fuoco ferendo a morte Galesi, colpito da due proiettili allo stomaco, e catturando la Lioce.

Dall'analisi del computer palmare, sequestrato alla Lioce, gli investigatori risalgono a diverse informazioni sull'organizzazione, sui suoi componenti e su una serie di documenti che collegherebbero i due terroristi con gli omicidi D'Antona e Biagi. Tramite la decodifica di quei dati, verrà poi rinvenuto anche un covo a Roma, in via Montecuccoli, con contratto di affitto intestato a Diana Blefari Melazzi e nel quale vennero rinvenute grosse quantità di esplosivo e documenti delle Nuove Brigate Rosse, tra cui lo scritto di rivendicazione dell'omicidio Biagi.